アクセス解析チーム中林です。
 
GoogleAnalyticsで複数ドメインを計測する場合、

GoogleAnalyticsではタグやリンクにちょっとした修正が必要となります。

詳しくは↓こちらをごらんください。
Google Analyticsで複数ドメインのサイトを計測する方法
http://doruby.kbmj.com/UsabilityAnalytics/20090416/Google_Analytics_2_1

今日は複数ドメインのサイトを計測する場合の注意点についてのお話です。

■通常のリンクの場合
上記のサイトにありますが、

Google Analyticsでは複数ドメインを計測する場合に
トラッキングコードの他に、ドメインをまたぐリンクに下記のように修正が必要となります。

 ■targetで指定する場合

target="_blank"
onclick="pageTracker._link(this.href);

の二つの関数を使用すると関数同士が競合してしまって
うまくウインドウを開くことができなくなってしまいます。
（もしくはGoogleAnalyticsに正くデータが送られなくなってしまいます。）

×間違い

onclick="window.open(pageTracker._getLinkerUrl(this.href),'_blank'); return false;

これによって、別ウインドウで開くとともに
Google Analyticsでデータを正しく取得することができるようになります。

ブラウザのセキュリティ設定を「高」にしている場合や
javascriptを防ぐセキュリティソフトを使用している場合は
上手く行かないことがあるようです。

参考になりましたでしょうか。

ではでは失礼いたします。